小麦赤霉病是典型的气候性病害，小麦抽穗扬花期如遇连阴雨天气即可造成小麦赤霉病的大流行，包括雾霾天气和田间空气湿度较大，都有利于其发生危害。小麦赤霉病病菌主要集中于花期侵染，具有暴发性、隐蔽性。该病害具有“可防难治”的特点，一旦错过防治“窗口期”，侵染为害会造成小麦产量下降、品质降低和籽粒中真菌毒素超标，直接影响小麦销售和种植效益。小麦种植户在前期种植抗(耐)病品种和健身栽培的基础上，要落实“一控两保”(控流行，保产量、保品质)的防治策略，坚持农业防治与化学防治技术协同管理，重点做好小麦抽穗扬花期化学药剂防治，以及籽粒收获后的收储管理。
防治方法如下：
一、农业防治。在前期种植抗(耐)赤霉病品种、健身栽培的基础上,合理运筹肥水，降雨后及时清沟沥水，降低田间湿度，减轻病害发生程度
二、化学防治。全面应用小麦赤霉病全程绿色提质控害增产技术，科学有效防治小麦赤霉病。
1、要把准防治适期。坚持“预防为主、主动出击”的防治策略，抓住小麦齐穗至扬花期开展第一次防治(即见花打药)，施药后 5-7天再防治一次。
2、要选择优质药剂。优先选择对赤霉病防治效果好、毒素控制作用较强，同时兼治小麦锈病、白粉病等穗期病害的优质药剂防治小麦赤霉病。选择渗透性强、耐雨水冲刷、持效性好的高效对路农药。如丙硫菌、氟唑菌酰羟胺+、氰烯·戊唑醇、丙唑·戊唑醇、丙硫·戊唑醇、氰烯。已唑醇、叶菌唑、咪铜·氟环唑、喹啉·戊唑醇、肟菌·戊唑醇、唑醚·氟环唑、唑醚·戊唑醇、唑醚·咪鲜胺、丙环·咪鲜胺、咪鲜·嘧菌酯、井冈·戊唑醇、戊唑·百菌清、戊唑·噻霉酮、丙环·福美双、戊唑·福美双、苯甲·丙环唑、戊唑·嘧菌酯、氟环·醚菌、氟环·咯菌腈、戊唑·醚菌酯、甲硫·已唑醇、甲碗·戊唑醇、咪鲜胺·噻霉酮、戊唑·咪鲜胺等药剂。药剂剂型选择优先选用适用于飞防作业的超低容量液剂、统防统治作业的液态环保型药剂，以及纳米农药等。药剂中可选择添加农药减量助剂沉降剂等，减少农药使用量，提高防治效果。
3、是开展统防统治。推广使用植保无人飞机、自走式喷杆喷雾机等现代高效植保机械，全面开展小麦赤霉病统防统治。统防统治区实行喷雾作业质量监管，切实提高防治质量和水平。
4、是施药方法。第一次要按照农药标签用量的上限使用，第二次要选择不同作用机制的药剂，交替轮换使用，避免抗药性产生。
第一次预防要按药剂说明书推荐用药上限用足药量和水量，均匀喷雾智能植保无人机施药须使用自主飞行模式，同时添加助剂:热雾机防治，应配合稳定剂使用。示范推广纳米农药技术，提高喷雾质量，保证防治效果，注重应用农药减量增效技术，积极开展以小麦赤霉病为主的多病虫害总体防治，实施“一喷三防”。
三、加强收储管理
小麦收获后，及时采取晾晒、烘干等方式尽快将籽粒中水分降低至安全水分以下，防止赤霉病菌继续侵染导致真菌毒素增加。